La Universidad Autónoma de Baja California (UABC) a través de la Facultad de Ciencias Agrícolas, hoy Instituto de Ciencias Agrícolas, creó el Programa de Maestría en Ciencias en Sistemas de Producción Animal (MCSPA) en el año de 1987 como una demanda de la zona noroeste de México. Esta demanda consistía en la formación de capital humano a nivel de posgrado en el área de producción animal a partir de los egresados de las licenciaturas de Ingeniero Agrónomo Zootecnista y Médico Veterinario Zootecnista. Desde 1991 la MCSPA ha estado de forma ininterrumpida dentro de PNPC de SEP-CONACYT, lo cual ha sido posible gracias a  sus grupos de investigación en los que poco a poco participan más profesores reconocidos dentro del Sistema Nacional de Investigadores. Los grupos de investigación de este programa, integrados principalmente en Cuerpos Académico Consolidados y en Consolidación de acuerdo a la SEP, también cuentan con reconocimiento nacional e internacional en áreas agropecuarias como nutrición animal, fisiología del estrés y reproducción; lo cual proyecta la imagen institucional en estos ámbitos. La MCSPA a través de sus investigadores tiene una participación muy activa en la gestión de recursos económicos externos para el desarrollo de investigación en la UABC. Los investigadores someten de manera continua propuestas de proyectos de investigación a convocatorias externas de la UABC (SEP, CONACYT, Fundación Produce, empresas extranjeras, otros), las cuales muchas veces resultan financiadas para la realización de investigación. La mayoría de los estudiantes de la MCSPA se integran como tesistas a estos proyectos.
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Ámbito Institucional:
Inicialmente el programa de MCSPA recibió principalmente egresados de las carreras de IAZ, IZ, MVZ de la propia UABC, de Sonora, Sinaloa y Baja California Sur; estados que conforman la zona noroeste con condiciones ambientales y de producción animal semejantes. Actualmente los estudiantes del programa provienen de diferentes zonas geográficas de la república.
Por otro lado, es importante resaltar que los avances científicos y tecnológicos que impactan en los sistemas de producción animal en esta zona, así como la industrialización y comercialización de alimentos de origen animal, el desarrollo de protocolos de seguridad e inocuidad, el bienestar animal, la conservación del ambiente y la accesibilidad a la información sustentan la actualización del plan de estudio de la MCSPA.

Ámbito nacional:
El Programa de Maestría en Ciencias en Sistemas de Producción Animal (PMCSPA) se encuentra alineado con el Plan Nacional de Desarrollo 2012-2018. En dicho plan, la meta “México próspero" reconoce que “el campo es un sector estratégico, a causa de su potencial para reducir la pobreza e incidir sobre el desarrollo regional. Los egresados del Programa de Maestría en Ciencias en Sistemas de Producción Animal (PMCSPA) son profesionistas que contribuyen a incrementar la productividad y eficiencia de la producción animal, y a mejorar la alimentación humana, específicamente con productos de origen animal. El PMCSPA ha producido egresados que actualmente laboran en instituciones educativas y de investigación de varias partes de México; algunos de éstos egresados pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores de CONACYT.
El PMCSPA se distingue a nivel nacional porque es uno de los pocos programas que realiza investigación sobre la relación estrés térmico y producción animal. Las líneas de investigación sobre estrés térmico han venido cobrando relevancia a nivel internacional, dada la ocurrencia de calentamiento global y sus consecuencias. Los investigadores de la MCSPA están enfocando su trabajo a estudiar el impacto de las altas temperaturas sobre aspectos fisiológicos, metabólicos, productivos y reproductivos en los diferentes sistemas de producción animal. También, se han concentrado en la búsqueda de estrategias para mejor la producción de carne y leche en condiciones extremosas de temperatura en climas cálidos.
El PMCSPA participa activamente en acciones de intercambio y proyectos de investigación para la solución de problemas de interés nacional e internacional, en las líneas de investigación de nutrición animal, fisiología y genética, forrajes y sistemas de producción animal, con diversas instituciones nacionales e internacionales. En México, algunas de las instituciones con las cuales se ha establecido colaboración son la Universidad Autónoma de Chihuahua, Universidad Autónoma de Ciudad Juárez, Universidad Autónoma de Sinaloa, Colegio de Postgraduados, Universidad Autónoma del Estado de México, Universidad Autónoma de Nuevo León, Universidad de Sonora y el Instituto Tecnológico de Sonora, Universidad Autónoma de Tlaxcala, Universidad Autónoma de Nayarit, Universidad Autónoma de Tamaulipas, Universidad Autónoma de Guerrero, Universidad Autónoma de Yucatán, Universidad Autónoma de Baja California Sur, entre otros. En el sector privado, el PMCSPA participa en acciones de vinculación con industrias como ALPURA, SUKARNE, CORPORATIVO KEKEN, VIMIFOS, entre otros.

Ámbito Internacional:
El programa de MCSPA ha mantenido y acrecentado su proyección internacional al interactuar sus profesores-investigadores con sus homólogos de universidades extranjeras. Este proceso se ha evidenciado con la colaboración permanente con instituciones de países como Estados Unidos, Canadá, Alemania, Cuba y Chile; producto de esta colaboración se tienen publicaciones de artículos científicos, proyectos de investigación, formación de recursos humanos, intercambio de estudiantes y estancias académicas. Como consecuencia de la buena proyección internacional que tiene la MCSPA a través de sus investigadores, el interés de aspirantes extranjeros por venir a México a estudiar en este programa se ha puesto de manifiesto en los últimos años. Así, la maestría ha contado con estudiantes originarios de Colombia, Brasil, Estados Unidos, Argentina, Honduras, Haití y Nicaragua, entre otros países.
Ámbito local:
Maestría en Sistemas de Producción Animal