El 15 de julio de 1969, el consejo universitario aprobó la creación de la Escuela Superior de Ciencias Agrícolas a nivel licenciatura, iniciando actividades en octubre del mismo año. La carrera de Ingeniero Agrónomo se ofrecía con especialidades en riego y drenaje agrícola, maquinaria y equipo agrícola, e industrias agropecuarias. En 1972, se creó la carrera de Ingeniero Zootecnista con especialidad en nutrición animal. En 1976, se crea la especialidad de Fitotecnia en la carrera de Ingeniero Agrónomo. En 1986 se creó el primer programa de postgrado: Maestría en Uso y Manejo del Agua de Riego en Zonas Áridas (UMARZA) y cambió de Escuela Superior de Ciencias Agrícolas a Facultad de Ciencias Agrícolas. En 1987 se creó el programa de maestría en Sistemas de Producción Animal, con orientaciones en Producción de Leche y Producción de Carne. En 1990, la Facultad de Ciencias Agrícolas se transformó en el Instituto de Investigaciones en Agricultura y Ganadería, y en 1993 cambió a su actual nombre de Instituto de Ciencias Agrícolas. En 1991, se creó el programa de Maestría en Productividad Agrícola, con áreas terminales en Horticultura y Parasitología Agrícola. En 1995 el programa de UMARZA se fusionó con el de Productividad Agrícola, creándose la maestría en Ciencias Agrícolas con áreas terminales en Horticultura, Parasitología y Uso y Manejo del Agua de Riego en Zonas Áridas. En 1996 se creó el Doctorado en Ciencias Agropecuarias con áreas terminales en Nutrición Animal, Cultivos Agrícolas, Irrigación y Salud Animal. De lo anterior se desprende un hecho muy remarcable: en apenas 10 años esta unidad académica evoluciono de escuela a instituto. Este hecho por si mismo implica una enorme transformación en el tipo y calidad de actividad que aquí se realiza, aunque desafortunadamente, no se ha dado en la misma magnitud en que el ICA ha evolucionado, generando problemas en la definición de vocaciones y productividad académica.
Actualmente se ofrecen las carreras de Ingeniero Agrónomo e Ingeniero Agrónomo Zootecnista, acreditadas por el Comité Mexicano de Acreditación de la Educación Agronómica A. C. (COMEAA) a partir de 2004. Además, se ofrecen los programas de maestría en Ciencias Agrícolas; maestría en Ciencias en Sistemas de Producción Animal con reconocimiento por el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) y el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT); y el doctorado en Ciencias Agropecuarias (PNPC-CONACYT). A partir de 2008-2, iniciará vigencia el programa de Maestría en Producción Agrícola y Mercados Globales, el cual se ofrece de manera conjunta por el ICA, la Escuela de Ingeniería y Negocios San Quintín y la Facultad de Economía y Relaciones Internacionales Tijuana.
